Το χαλικόφιλτρο χρησιμοποιείται σε βεβαρημένες καταστάσεις από οργανικά σωματίδια τύπου άλγη, πλαγκτόν κ.ά., αλλά και ανόργανα τύπου άργιλος κ.ά. Τέτοιες περιπτώσεις συνήθως συναντάμε σε νερά τα οποία αντλούνται από ποτάμια, λίμνες και δεξαμενές. Ο καθαρισμός του νερού αυτού γίνεται διεισδύοντας το σε ειδική άμμο που βρίσκεται μέσα στο χαλικόφιλτρο διαφόρου κοκκομετρίας. Συνιστάται χαλαζιακή άμμος.

Μετά από κάθε λειτουργεία του φίλτρου σε πότισμα συνιστάται η πλύση τις άμμου και αυτό επιτυγχάνεται με την ανάστροφη ροή του νερού (by–pass) στο χαλικόφιλτρο. Έτσι αναδεύεται η άμμος και τα σωματίδια που έχουν προσκολλήσει σε αυτή, με την πίεση του νερού αποχωρούν και οδηγούνται έξω από το χαλικόφιλτρο.Η διαδικασία αυτή διαρκεί οπωσδήποτε 15 με 20 λεπτά.

Απαραίτητη προϋπόθεση αυτής της διαδικασίας είναι να γίνεται και με την τοποθέτηση καινούριας άμμου στο χαλικόφιλτρο στο ξεκίνημα κάθε αγροτικής περιόδου.